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Preparation, implementation and evaluation of affinity chromatographic tools for targeted proteome identification by liquid chromatography - tandem mass spectrometry
Martin Georg Sturm
Art der Arbeit
Dissertation
Universität
Universität Wien
Fakultät
Fakultät für Chemie
Betreuer*in
Wolfgang Lindner
DOI
10.25365/thesis.10119
URN
urn:nbn:at:at-ubw:1-30112.74136.223862-7
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(Print-Exemplar eventuell in Bibliothek verfügbar)
Abstracts
Abstract
(Deutsch)
Die Doktorarbeit umfasste die wissenschaftliche Bearbeitung von 2 Hauptprojekten auf dem Gebiet der Proteomanalytik. Im Zuge des ersten Projekts wurde Zinnoxid (SnO2) im Bereich der Metalloxid– Affinitätschromatographie als Material zur Phosphopeptidanreicherung untersucht. Zinnoxid wurde dabei in Form von porösen Mikropartikeln, welche nach dem Nanocasting-Verfahren hergestellt wurden, verwendet. Zuerst wurde eine Methodenoptimierung durchgeführt, und deren Anwendbarkeit mit einem tryptischen Verdau von Modellproteinen gezeigt. Weiterführend wurden Zinnoxidmaterialien unterschiedlichen Durchmessers, unterschiedlicher Porengrösse und unterschiedlicher Oberflächen-behandlung untersucht, um eine materialseitige Parameteroptimierung zu erhalten. Zum Abschluss des Projekts wurde ein Phosphoproteomikexperiment eines HeLa-Zelllysatverdaus mit Nanocast-Zinnoxid, Nanocast-Titanoxid (TiO2) und einem kommerziellen TiO2-Material (Sachtopore) durchgeführt. Insgesamt konnten 1595 unterschiedliche Phosphopeptide mit Hilfe aller drei Anreicherungsmaterialien identifiziert werden. Durch Kombination beider Nanocast-Materialien in einem Experiment wurden 1137 Phosphopeptide identifiziert, was eine komplementäre Abdeckung des HeLa-Zellproteoms ermöglichte. Das zweite Projekt umfasste die Konzeption, Synthese und praktische Anwendung eines chemisch spaltbaren Linkers für Protein-„pull-down“-Experimente. Bereiche dieses Projekts wurden in Kooperation mit dem Center of Molecular Medicine (CeMM) der Medizinischen Universität Wien durchgeführt. Basierend auf Arbeiten aus unserer wurde ein Indolessigsäure-Malondialdehydderivat synthetisiert, welches selektiv durch Pyrrolidin oder Hydrazin am Indolstickstoff gespalten werden kann. Dieses Derivat wurde an Hydrazid-funktionalisierte Agarose- oder Acrylamidbeads gekoppelt. Zur biologischen Evaluierung dieses Systems wurde der Kinaseinhibitor Bosutinib, ein Wirkstoff zur Therapie der chronischen myeloiden Leukämie, an den Linker gekoppelt, um potentielle Interaktionspartner des Wirkstoffs selektiv für die Identifizierung mittels -Gelelektrophorese und LC-MS/MS anzureichern. Die erfolgreiche Durchführung konnte mit Immunoblotanalyse und LC-MS/MS-Proteomanalyse gezeigt werden.
Schlagwörter
Schlagwörter
(Englisch)
Liquid chromatography – tandem mass spectrometry phosphopeptide enrichment metal oxide affinity chromatography porous nanocast metal oxides protein identification CID-peptide fragmentation proteomics chemical cleavable linker indolylacetic acid-malondialdehyde derivative protein pull down
Schlagwörter
(Deutsch)
Flüssigkeitschromatographie-Tandemmassenspektrometrie Phosphopeptinanreicherung Metalloxidaffinitätschromatographie poröse nanocast Metalloxide Proteinidentifizierung CID-Peptidfragmentierung Proteomics chemisch spaltbarer Linker Indolessigsäure-Malondialdehydderivat Proteinpulldown
Autor*innen
Martin Georg Sturm
Haupttitel (Englisch)
Preparation, implementation and evaluation of affinity chromatographic tools for targeted proteome identification by liquid chromatography - tandem mass spectrometry
Paralleltitel (Deutsch)
Präparation, Realisierung und Evaluierung von affinitätschromatographischen Instrumenten zur Zielproteomidentifizierung durch Flüssigkeitschromatographie - Tandemmassenspektrometrie
Publikationsjahr
2010
Umfangsangabe
109 S. : graph. Darst.
Sprache
Englisch
Beurteiler*innen
Gerard Hopfgartner ,
Günter Allmaier
Klassifikationen
30 Naturwissenschaften allgemein > 30.03 Methoden und Techniken in den Naturwissenschaften ,
35 Chemie > 35.26 Massenspektrometrie ,
35 Chemie > 35.29 Chromatographische Analyse, Elektrophorese ,
35 Chemie > 35.39 Analytische Chemie: Sonstiges ,
35 Chemie > 35.50 Organische Chemie: Allgemeines ,
35 Chemie > 35.70 Biochemie: Allgemeines ,
35 Chemie > 35.76 Aminosäuren, Peptide, Eiweiße
AC Nummer
AC08236831
Utheses ID
9141
Studienkennzahl
UA | 091 | 419 | |