Myelodysplastische Syndrome (MDS) sind eine vielfältige Gruppe myeloischer Erkrankungen, die durch eine gestörte Blutbildung gekennzeichnet sind, und entstehen durch eine Anhäufung von somatischen Mutationen in den hämatopoetischen Stamm- und Vorläuferzellen. Zytogenetische und molekulargenetische Aberrationen sowie klinischen Parameter, wie beispielsweise die Blastenanzahl im Knochenmark, die absolute Neutrophilenzahl und die Thrombozytenkonzentration, beeinflussen den Krankheitsverlauf und werden für die Risikostratifizierung beurteilt. Mutationen in Genen, welche für epigenetische Mechanismen, insbesondere DNA-Methylierung, codieren, werden häufig bei MDS beobachtet. Weiters werden für die Behandlung von Hochrisikopatienten hypomethylierende Substanzen eingesetzt.
Das Ziel dieser Masterarbeit war die retrospektive Methylomsanalyse von 63 Patientenproben mit der Diagnose MDS, AML oder ohne hämatologische Systemerkrankung. Es wurden ein Methylierungsarray und Next Generation Sequencing durchgeführt, klinische Daten ausgewertet sowie zytogenetische FISH-Untersuchungen durchgeführt. Die Methylierungsdaten wurden nach einer Dimensionsreduktion mit „uniform manifold approximation and projection (UMAP)“ auf dem EpiDiP-Server ausgewertet.
Die Analyse der MDS-Proben resultierte in der Identifizierung von zwei Methylierungsclustern (MDS status cluster MDSsc1 und MDSsc2). Der signifikanteste Unterschied zwischen MDSsc1 und MDSsc2 war der Risikostratifizierungs-Score, wobei zytogenetische Aberrationen den stärksten Gewichtungsfaktor darstellten. Weitere wichtige Parameter waren der Blastenanteil im Knochenmark und die Thrombozytenkonzentration im peripheren Blut. MDSsc2-Proben wiesen im Vergleich zu MDSsc1-Proben mehr ungünstige zytogenetische Mutationen, einen höheren Blastenanteil sowie niedrigere Thrombozytenwerte auf. Darüber hinaus wurde im MDSsc2 eine Anreicherung für molekulare Mutationen von Chromatin-/ Histonmodifikationsgenen beobachtet, während MDSsc1 mehr Mutationen in Genen aufwies, die für das RNA-Spleißen und die DNA-Methylierung kodieren.
Die Ergebnisse deuten darauf hin, dass es epigenetisch unterschiedliche Untergruppen von MDS gibt, die für die Vorhersage des Krankheitsverlaufs und des Behandlungserfolgs hilfreich sein könnten.